Jau ketvirtą dešimtį skaičiuojantis Lietuvos jūrų muziejus yra įsikūręs rekonstruotame XIX a. Nerijos forte. Daugelio lankytojų akis jau apsiprato su paskirtį pakeitusiu istoriniu statiniu ir galbūt net sunkiai įsivaizduoja, kad čia, kur dabar linksmai nardo ruoniai ir pingvinai, turėjo marširuoti kareiviai, o ant pylimų stovinčios patrankos budriai saugoti Klaipėdos miestą ir uostą nuo išpuolių iš Baltijos.

Fortas yra vienintelis toks XIX a. antros pusės Prūsijos karinio paveldo objektas Lietuvoje. Jo amunicijos sandėliuose, parako saugyklose, poternose ir kaponyruose įsikūrusios Laivybos istorijos ekspozicijos. Pabūklų aikštelėse eksponuojami inkarai. Atkurtame reduto pastate įrengtas akvariumas, Jūrų faunos ekspozicija.

Detali šios jūrinės tvirtovės, o kartu ir prie jos atsiradusio Kopgalio kaimo,  istorija vaizdžiai atskleidžiama Lietuvos jūrų muziejaus svetainėje įdiegtoje „Nerijos forto istorija laiko juostoje“ http://www.muziejus.lt/LaikoJuosta/JuruMuziejusLt.html .Virtualioje erdvėje pateikiama išsami istorinė medžiaga – nuotraukos, brėžiniai. Laiko dvasią padeda atkurti piešti ir animuoti siužetai, kuriuos sukūrė dailininkai Šarūnas Jakštas ir Gintaras Jocius. Sukurti „Nerijos forto istoriją laiko juostoje“ įgalino Lietuvos kultūros ministerijos parama.

Pasak muziejaus istoriko Dainiaus Elerto, kariniai įtvirtinimai Kopgalyje galėjo apsaugoti Klaipėdos uostą nuo netikėto priešo išsiveržimo iš jūros pusės. Todėl 1865 metais buvo pradėtas statyti Nerijos fortas. Tačiau dar statybos metu buvo suprasta, kad kaip gynybinis įrenginys jis nėra veiksmingas. 1897 metais vokiečių kariškiai demontavo Nerijos forto patrankas ir perdavė patalpas civiliams, juose buvo įrengti sandėliai, centriniame redute apsigyveno uosto tarnautojų, mokytojų, samdomų darbininkų šeimos. Pirmojo pasaulinio karo metu forte nuo carinės Rusijos armijos slėpėsi miestiečiai.

1923 metais Klaipėdos kraštą prijungus prie Lietuvos, forto redute apgyvendintos šeimos, buvo įsikūrę Lietuvos jūrų skautai, vasaras leido Kauno aukštesniosios technikos mokyklos laivininkų skyriaus kursantai.

1939 metais Vokietijai užėmus Klaipėdos kraštą, Nerijos fortas vėl atitenka kariškiams -  tvirtovėje buvo laikoma priešlėktuvinės gynybos pajėgų amunicija. 1945 metais atsitraukdami vokiečių kariai susprogdino fortą. 1945 m. sausio 30 dieną apgriautą tvirtovę užėmė Raudonoji armija ir iki pat 1975 mеtų Nerijos fortas buvo civiliams uždraustoje pasienio zonoje.

1975 metais prasidėjęs tvirtovės atkūrimas baigėsi 1979 metais, forte įkūrus Jūrų muziejaus ekspozicijas.

1865–1897 m. Nerijo fortas buvo svarbi Klaipėdos jūrų tvirtovės komplekso dalis. Jį sudarė citadelė (piliavietė), gynybiniai pylimai aplink Senamiestį, Nerijos bei Miško fortai. Karo atveju marių įplaukoje tarp Nerijos ir Miško fortų numatyta įrengti minų užtvarą. Piešinio autorius Gintaras Jocius

Nerijos forto vartai. XX a. 2–3 dešimtmečio nuotrauka. 1897–1939 m. Nerijos fortas buvo pritaikytas civilių poreikiams. Buvusiais amunicijos sandėliais naudojosi Klaipėdos uosto direkcija. Redute apsigyveno darbininkai ir tarnautojai. 1934 m. forto gynybinis griovys buvo sujungtas su mariomis ir jame įrengtame uostelyje laikyti pasienio policijos laivai, žvejų valtys, jachtos.

Sovietmečiu Nerijos fortas buvo civiliams uždraustoje pasienio zonoje