Jis taip pat buvo Lietuvos atstovas ryšiams Europos kosmoso agentūroje, nuo 2005 metų – Aeronautikos tyrimų Europoje patariamojoje taryboje ir Europos Sąjungos aeronautikos technologijų platformoje.

J. Stankūnas yra parašęs daug mokslinių knygų, straipsnių, apdovanotas mokslo ir kitomis premijomis.

J. Stankūno svarbiausi moksliniai darbai – iš matavimų ir metrologijos, transporto inžinerijos, aviacijos technologijos, aviacijos sistemos plėtros.

J. Stankūnas paskelbė daugiau kaip 150 mokslinių straipsnių, 14 išradimų.