Akvariume lankytojai kviečiami į intriguojančią kelionę nuo Lietuvos upelio, ežero per Baltijos ir Šiaurės jūras į tropinius vandenis. Dvidešimt penkiuose akvariumuose gyvena apie 180 jūrinių šaltavandenių, koralinių rifų, gėlavandenių žuvų ir bestuburių rūšių. Prieš penkerius metus rekonstruoto akvariumo puošmena – 18 m ilgio perregimas akrilo tunelis. Jis įrengtas po pagrindiniu baseinu, kuriame, stebindami savo dydžiu ir išvaizda, plaukioja didieji eršketai. Dabar kai kurių šių archajiškų, dinozaurų laikus menančių žuvų ilgis jau viršija du metrus. Gyvena jie virš šimto metų ir užauga net iki aštuonių metrų ilgio ir 2 t svorio.

Siekiant papildyti ekspoziciją bei išvengti žuvų įsigijimo iš natūralios gamtos, muziejaus ichtiologai sėkmingai išveisia ir užaugina įnoringas jūrų adatas, dygiąsias ir šlakuotąsias rajas, mažadėmius katryklius. Medūzų akvariumą reguliariai papildo laboratorinėmis sąlygomis išveistos ir paaugintos paprastosios medūzos.

Lietuvos jūrų muziejaus Laivybos istorijos ekspozicijos įrengtos Nerijos forte, kur eksponuojama didžiausia Lietuvoje inkarų kolekcija. Po pylimais esančiuose šaudmenų saugyklose – poternose, apšaudymo iškyšose – kaponierėse įrengtose ekspozicijose pasakojama apie Lietuvos laivyną, didžiausias laivų katastrofas, burlaivių epochos ženklus Klaipėdoje, nežinomus Lietuvos jūrinės istorijos puslapius.

Kiekvieno lankytojo muziejuje laukia ir dar viena nemokama paslauga – asmeninis audiogidas „Jūra ne tik ošia“. Virtualus, modernus, bet prabylantis šiltu ir lengvai atpažįstamu garsaus teatro ir kino aktoriaus Dariaus Meškausko balsu.

Ypatingai lankytojai pamėgo ir įvertino laivą-muziejų M52 „Sūduvis“. 2021 m. laivas baigė tarnybą ir buvo perduotas Lietuvos jūrų muziejui, kuris šį eksponatą atvėrė visuomenei. Laivas priklauso „Lindau“ minų traluotojų klasei. Jo paskirtis – minų paieška, identifikavimas ir sunaikinimas. Laivo korpusas yra iš braziliško ąžuolo, dekoruotas raudonmedžiu, o deniai – iš natūralaus tikmedžio. Įrenginiai laive pagaminti iš nemagnetinio metalo, kad nedetonuotų jūroje sprogmenų. Lietuvos karinėse jūrų pajėgose M52 „Sūduvis“ tarnavo 22 metus: dalyvavo NATO projektuose, daugelyje tarptautinių ir nacionalinių pratybų bei operacijų.