Kaip praneša Kultūros ministerija, fondo tikslas – skatinti Baltijos šalių kultūrinį bendradarbiavimą ir stiprinti Lietuvos, Estijos ir Latvijos kultūros tarptautiškumą per bendrus kultūros projektus ir renginius.

Nuo 2019 m. veikiantis fondas finansuoja profesionalius architektūros, vaizduojamųjų menų, dizaino, literatūros, garso ir scenos menų, bibliotekų, muziejų, archyvų bei tarpdisciplininius projektus. Ypatingas dėmesys skiriamas naujiems ir vienkartiniams kultūros renginiams už Baltijos šalių ribų.

Rotaciniu principu fondą administruoja nacionaliniai kultūros fondai, keisdamiesi kas trejus metus. Estijos kultūros fondas yra pirmasis, koordinuojantis Baltijos kultūros fondo veiklą.

Projektų paraiškas vertina ekspertų komitetas, sudarytas iš šešių narių, atstovaujančių skirtingoms kultūros sritims. Kiekvienai šaliai atstovauja du komiteto nariai, kuriuos skiria fondą administruojančios kultūros tarybos.