Per slaptą balsavimą už jo kandidatūrą buvo 91 Seimo narys, prieš – 16, susilaikė 12, dešimt biuletenių rasti negaliojantys.

Valdantieji gyrė visokeriopą kandidato patirtį ir kompetenciją.

„Nudžiugino, kad jis yra pasirengęs optimizuoti Seimo kanceliarijos veiklą ne tik ūkiniais klausimais, bet mato ir darbuotojų optimizavimo problemas, ir atlyginimų problemas ir, žinoma, darbo sąlygų pagerinimą ir kanceliarijai, ir Seimo nariams. Dėl to manome, kad pats laikas sustiprinti tą sritį Seime ir siūlytume palaikyti Algirdo Stončaičio kandidatūrą“, – prieš balsavimą sakė Seimo Socialdemokratų partijos frakcijos seniūnas Remigijus Motuzas.

Tuo metu opozicijos atstovai kritikavo itin artimus A. Stončaičio ryšius su Demokratų sąjunga „Vardan Lietuvos“. Jis su šia partija kandidatavo į Seimą, bet nebuvo išrinktas.

Nors kandidatas tvirtino ir dievagojosi, kad atšalinimo nereikia, kad nebus angažuotas niekieno atžvilgiu, vis dėlto ta politinė bambagyslė nuo kai kurių asmenų ir politinių jėgų yra akivaizdi ir tas akivaizdus politinis angažuotumas tikrai matyti.

„Matome kelias rizikas dėl A. Stončaičio skyrimo Seimo kancleriu. Pirmiausia, mūsų frakcija mano, kad Seimo kancleris yra neutrali vadybinė, o ne politinė pareigybė, o čia mes akivaizdžiai matome politinį paskyrimą. Nors kandidatas tvirtino ir dievagojosi, kad atšalinimo nereikia, kad nebus angažuotas niekieno atžvilgiu, vis dėlto ta politinė bambagyslė nuo kai kurių asmenų ir politinių jėgų yra akivaizdi ir tas akivaizdus politinis angažuotumas tikrai matyti“, – sakė Tėvynės sąjungos-Lietuvos krikščionių demokratų frakcijos narė Daiva Ulbinaitė.

Anot jos, kandidatas neišsklaidė ir abejonių dėl žiniasklaidos pranešimų apie įtartinus ryšius bei galbūt pažeidžiant įstatymus gautu leidimu dirbti su slapta informacija.

2022 metų lapkritį portalas „15min“ skelbė, kad A. Stončaitis prieš kelerius metus būdamas Vyriausybės kancleriu gavo leidimą dirbti su slapta informacija, nors atsisakė tikrintis poligrafu. A. Stončaitis tikina, kad tokio pasiūlymo nebuvo, o leidimą dirbti su įslaptinta informacija gavo laikantis įstatymų.

Nuolatinio vadovo Seimo kanceliarija neturi nuo kovo, kai iš pareigų atleistas Modestas Gelbūda, daugiau kaip pusei parlamentarų paskelbus nepasitikėjimą jam.

A. Stončaičio kandidatūrą į kanclerius pasiūlė Seimo pirmininkas Saulius Skvernelis. Jie drauge dirbo Policijos departamente, Vyriausybėje, Seime, įkūrė Demokratų sąjungą „Vardan Lietuvos“.

A. Stončaitis pranešė sustabdęs narystę partijoje, žadėjo būti politiškai neutralus vadovaudamas Seimo kanceliarijai. Jis yra atmetęs dalies opozicijos politikų kritiką, kad reikėtų politinio atšalimo laikotarpio prieš einant naujas pareigas.

Eksparlamentaras yra sakęs sieksiąs, kad būtų įsteigtos dviejų vicekanclerių pareigybės, taip pat pabrėžė būtinybę kurti darbuotojų skatinimo tvarką.

Dabar Seimo struktūroje kanclerio pavaduotojų nenumatyta. Kancleriui tiesiogiai pavaldūs dauguma padalinių vadovų.

A. Stončaitis yra apgailestavęs, jog darbo užmokestis Seimo kanceliarijoje yra vienas mažiausių, palyginti su Vyriausybės ir Prezidentūros kanceliarijomis, taip pat stebėjęsis, kad parlamentas vykdo didžiulius IT ir kitus projektus, tačiau tai daroma nepaskyrus konkretaus projekto vadovo. Seimo kancleris skiriamas penkeriems metams.