Kauno jėzuitų gimnazija tapo trečia Lietuvoje ir vienintele Kauno mieste Tarptautinio bakalaureato organizacijos (TBO) mokykla, išsiskiriančia aukštais akademiniais reikalavimais. Baigusiems šią programą mokiniams išduodamas Tarptautinio bakalaureato diplomas, kuris suteikia galimybę studijuoti geriausiuose pasaulio ir šalies universitetuose. Šis dokumentas prilygsta užsienyje įgytam viduriniam išsilavinimui.

Nuo 2011 metų Kauno jėzuitų gimnazija pradėjo ilgą pasirengimo tapti TBO nare procesą: administracija ir mokytojai susipažino su organizacijos filosofija, misija, dalykų programomis, vyko į tarptautinius seminarus, rengė dokumentus, ilgalaikius planus, įsigijo vadovėlių, mokymo priemonių. 2013 metų pradžioje, įvykdžiusi TBO reikalavimus, sulaukusi sėkmingo autorizacijos inspektorių įvertinimo, gimnazijos bendruomenė įgijo teisę įgyvendinti Tarptautinio bakalaureato Diplomo programą.

Kauno jėzuitų gimnazija nuo 2013 metų rugsėjo mėnesio pradeda įgyvendinti Tarptautinio bakalaureato Diplomo dvejų metų programą, skirtą 11-12 klasių mokiniams. Joje gali mokytis mokiniai, baigę 10 (ar gimnazijos II) pagrindinio ugdymo programos klasę. Medžiaga dėstoma iš vadovėlių, išleistų Jungtinės Karalystės Kembridžo ir Oksfordo universitetų leidyklose. Mokymas vykdomas anglų kalba. Diplomo programos pabaigoje mokiniai rašo išplėstinį esė anglų kalba. Derindami formalųjį ir neformalųjį ugdymą, mokiniai dvejus metus aktyviai įsitraukia į socialinę, sportinę, kūrybinę veiklą.