Visos šios etninės grupės gyveno gana laisvamaniškai, neatskirtos viena nuo kitos, padrikai išsibarsčiusios po Bosnijos ir Hercegovinos teritoriją, o respublikos sostinė Sarajevas daugelį metų buvo vadinamas vienu pakančiausių Europos miestų, mat būtent čia fiksuotas didžiausias mišrių santuokų skaičius visoje Jugoslavijoje.

1990 m. lapkritį vykę pirmieji Bosnijos ir Hercegovinos daugiapartiniai rinkimai šią etninę košę pavertė politine realybe ir iškėlė pirmuoju prezidentu tapusio intelektualo ir disidento Alijos Izetbegovičiaus (1925–2003) bei JAV akademinėse įstaigose psichiatriją studijavusio Radovano Karadžičiaus (1945) politines figūras. Šie du į valdžią iškilę žmonės reprezentavo ne tik savas etnines grupes, bet ir skirtingas Bosnijos ir Hercegovinos ateities perspektyvas.

A.Izetbegovičiaus žinia buvo aiški – reikia sekti Slovėnijos ir Kroatijos pėdomis, o anot R.Karadžičiaus, privalu pasilikti Jugoslavijoje ir glaustis prie Slobodano Miloševičiaus (1941–2006) valdomos Serbijos. Nesugebėjus rasti kompromiso, R.Karadžičius pasitraukė iš koalicijos ir įkūrė Bosnijos ir Hercegovinos serbų asamblėją, kuri 1992 m. sausio 9 d. paskelbė Bosnijos viduje įkurianti separatistinę Srpskos Respubliką.

Tų pačių metų vasario 29 – kovo 1 d. Bosnijoje vyko nepriklausomybės referendumas. Nors serbai jį boikotavo, susivieniję kroatų ir bosnių politikai sugebėjo pritraukti daugiau nei 60 proc. balsų, kurių didžioji dalis pasakė "taip" išstojimui iš Jugoslavijos.

Kovo 1 d. vietinis Sarajevo bosnis paauglys nusprendė pašaudyti į serbų vestuvininkus, procesijos metu išsikėlusius Serbijos vėliavas. Žuvo jaunikio tėvas, buvo sužeistas stačiatikių dvasininkas. Tiek A.Izetbegovičiaus, tiek R.Karadžičiaus šalininkai apsikeitė kaltinimais dėl provokacijų ir dalyvavimo sąmoksle, prasidėjo ginklavimasis, išdygo barikados, neišvengta ir pogromų.

Dar neprasidėjus karui, Sarajevo žmonės iš visų etninių grupių bandė surengti pacifistinę, už taiką agituojančią eiseną, tačiau jų planus sugriovė serbų nacionalistų snaiperiai. Bosniams pavyko įsitvirtinti Sarajevo centre ir išlaikyti miesto kontrolę, tačiau serbų nacionalistai užėmė strategiškai patogias, centrą supančias aukštumas, iš kurių vėliau, nepavykus užimti miesto tiesioginiu tankų šturmu, pradėjo trejus metus trukusią artilerijos ir snaiperių smaginimosi orgiją.

Dėl tikslios Bosnijos karo pradžios datos nėra sutariama, tačiau visi sutinka, jog karinių veiksmų ir žudynių eskalavimas prasidėjo 1992 m. balandį. Skelbdamas mobilizaciją, A.Izetbegovičius ginti Bosnijos pakvietė ne tik "savus" (musulmonus), bet ir kitus valstybės gyventojus. Į šį jo šauksmą atsiliepė profesionalūs kariškiai, kriminalinės grupuotės ir kai kurie serbai, mat ne visi pritarė S.Miloševičiaus ir R.Karadžičiaus vizijoms.

Antai Jugoslavijos armijoje tarnavęs Jovanas Divjakas (1937) nusprendė pereiti į Sarajevo gynėjų pusę ir netgi tapo Bosnijos armijos generolu.

1992 m. spalį iki tol kartu su bosniais kovoję kroatai nusprendė atsisukti prieš savo sąjungininkus, mat jie taip pat įkūrė savo separatistinę respubliką Bosnijos viduje, ir Kroatijos prezidentas Franjo Tudjmanas (1922–1999) nuo šiol, susitikdamas su S.Miloševičiumi, galėjo aptarti ne tik tarpusavio karą, bet ir Bosnijos ir Hercegovinos ateitį.

Siekdamas sujungti bosnių gyvenviečių perskirtas serbų teritorijas, R.Karadžičius kartu su iš Kroatijos karo verpeto atvykusiu generolu Ratko Mladičiumi (1942) pradėjo vykdyti kruopštų etninio valymo planą. Žudynės ir plėšikavimų bei žaginimų lydimi priverstiniai iškeldinimai sukrėtė Bijeliną, Prijedorą, Zvorniką, Višegradą ir Fočą.

Žymiausia Bosnijos karo tragedija ištiko Srebreniko miestelio gyventojus.

Dar 1993 m. kovą R.Mladičiaus armijos apgultą gyvenvietę aplankė JTO "mėlynųjų šalmų" generolas prancūzas Philippe Morillonas (1935). Įbaugintų musulmonų minia prašė jo neišvykti ir de facto paėmė karininką įkaitu. Net kelias dienas P.Morillonas sėdėjo ir mąstė, kamuojamas įvairiausių dilemų bei ieškodamas išeities. Galų gale jis ryžosi rizikingam žingsniui ir, neturėdamas jokių įgaliojimų, paskelbė, jog Srebrenicą nuo šiol saugos JTO pajėgos.

JTO biurokratiniame žargone atsirado "saugios erdvės" (safe area) terminas. Šį statusą gavo ne tik Srebrenica, bet ir kelios kitos gyvenvietės. 1995 m. liepos 6–11 d. R.Mladičiaus pajėgos, kartu su militarizuota specialiųjų Serbijos tarnybų grupuote, pasivadinusia "Skorpionais", perėmė Screbrenicos kontrolę.

Pagyvenę žmonės, moterys ir vaikai buvo iškeldinti (kai kurios moterys – išprievartautos), o net 8 tūkst. vyrų bei paauglių berniukų dingo be žinios. Kai kuriems pavyko pabėgti per netoliese buvusį mišką, tačiau net 4 tūkst. dingusiųjų vėliau buvo atrasti masinėje kapavietėje.

Nepavykus Bosnijos skerdynių sustabdyti taikos derybomis, iniciatyvos ėmėsi NATO ir JAV. Amerikiečiams vėl pavyko atvesti bosnius ir kroatus į vieną barikadų pusę, o 1995 m. rugpjūčio 30 d. prasidėjo operacija "Apgalvotas smūgis" ("Deliberate Forse"), kurios metu smogta net 338 Bosnijos serbų taikiniams.

Tų pačių metų gruodžio 14 d. Deitone (Ohajus) buvo pasirašyta taikos sutartis, aiškiai padalinanti valstybę į bosnių-kroatų bei serbų valdomas zonas. 1999 m. kovo 24 – birželio 10 d. NATO dar kartą bombardavo serbus dėl S.Miloševičiaus vykdytų represijų Kosovo albanų atžvilgiu ir jo karo su ekstremistine "Kosovo išlaisvinimo armijos" organizacija.

2000 m. spalį S.Miloševičiui atsisakius pripažinti opozicijos pergalę rinkimuose, Belgrade prasidėjo protestai. Išverstas iš valdžios, teisiamas dėl įvairių nusikaltimų jis mirė 2006 m. kovo 11 d. savo kameroje.