Teismas priėmė sprendimą stabdyti įstatymuose nenumatytus departamento veiksmus. Toliau įsisukus teisminiams procesams,  Kultūros paveldo departamentas yra įsitikinęs savo veiksmų teisėtumu ir prašo panaikinti šį teismo sprendimą kaip nepagrįstą ir neteisėtą, rašoma pranešime spaudai.

Kultūros paveldo departamento direktoriaus įsakymu birželio 1 d. buvo inicijuota ligoninės komplekso vertingųjų savybių patikslinimo procedūra, o po kelių dienų departamento iniciatyva buvo atšaukti ir būsimo statybų projekto Kultūros paveldo departamento Vilniaus skyriaus suderinimai.

Tačiau Šv. Jokūbo komplekso projekto vystytojai departamento sprendimus apskundė Vilniaus miesto apylinkės teisme, prašydami stabdyti departamento veiksmus, kaip neteisėtus. 2018 m. birželio 15 d. Vilniaus miesto apylinkės teismas nutarė tenkinti ieškovo prašymą ir taikyti laikinąsias apsaugos priemones, t.y. uždrausti Kultūros paveldo departamentui ir Kultūros paveldo centrui atlikti įstatymuose nenumatytus veiksmus, atliekant Vilniaus Lukiškių dominikonų vienuolyno statinių ansamblio vertingųjų savybių tikslinimą, papildant ansamblį į Šv. Jokūbo ligoninės pastatų kompleksą įeinančiais pastatais, teritorijoje esančiomis vertingosiomis savybėmis, apibrėžiant  apsaugos zoną. Taikant laikinąsias apsaugos priemones, neįmanomi jokie tolimesni departamento veiksmai siekiant apsaugoti Šv. Jokūbo ligoninės kompleksą nuo galimo neigiamo poveikio kultūros paveldo vertybėms.

Kultūros paveldo departamentas reaguodamas į šią nutartį, š. m. birželio 21 d. apskundė teismo sprendimą kaip neteisėtą ir nepagrįstą. Visų pirma, ne atsakovai - departamentas ar centras, kaip teigia ieškovas, o vertinimo tarybos sprendžia dėl reikšmingumo nustatymo, teritorijų ir apsaugos zonų apibrėžimo, vertingųjų savybių nustatymo ar patikslinimo. Departamentas turi teisę inicijuoti vertingųjų savybių tikslinimo procedūrą bei atlieka duomenų įregistravimo Kultūros vertybių registre funkciją, tačiau nepriima sprendimų dėl nekilnojamųjų kultūros vertybių įregistravimo ar jų reikšmingumo.

Departamentas taip pat turi teisę atšaukti savo suderinamus dokumentus atsižvelgdamas į kylančią grėsmę kultūros paveldo vertingųjų savybių išsaugojimui. Pagal Statybos įstatymą statybą leidžiančio dokumento išdavimo proceso metu neteisėtai priimtus administracinius sprendimus panaikina šiuos sprendimus priėmę subjektai. Būtent tai departamentas ir atliko vykdydamas savo tiesioginę paveldo apsaugos funkciją.

Taip pat, ieškovas kreipėsi į teismą prašydamas uždrausti atlikti departamentui veiksmus, kurie jau atlikti praeityje ir kurių teisėtumo patikrinimas priskiriamas administracinių teismų kompetencijai. Be to, ieškovas nepagrindžia, kodėl skundžiamos procedūros, kurios numatytos Nekilnijamojo kultūros paveldo apsaugos įstatyme, gali būti neteisėtos bei nepagrindžia galimai ateityje atsirasiančios žalos.

Reaguodamas į susidariusią situaciją departamentas kreipėsi į Vilniaus apygardos teismą su prašymu panaikinti visas apylinkės teismo nutartimi pritaikytas laikinąsias apsaugos priemones, kad būtų užtikrinta Šv. Jokūbo ligoninės pastatų komplekso visų vertingųjų savybių apsauga. Šiuo metu laukiama tolimesnio teismo sprendimo.