Anot įmonės, jis galėjo pažeisti Viešųjų ir privačių interesų derinimo įstatymą, nes pernai dirbdamas Finansinių nusikaltimų tyrimų tarnyboje buvo vienas specialistų, kuris tikrino „Vilniaus energiją“ dėl į šilumos kainą nepagrįstai įtraukiamų sąnaudų.

Vyriausioji tarnybinės etikos komisija pranešė, kad dėl galimo interesų konflikto pradėjo tyrimą.

Etikos sargų teigimu, į juos kreipėsi iš Vilniaus šilumos ūkio pasitraukusios „Vilniaus energijos“ prezidentas Linas Samuolis. Anot jo, J. Makauskas dirbdamas FNTT buvo pasitelktas kaip specialistas atlikti „Vilniaus energijos“ planinį patikrinimą, dalyvavo atliekant jo veiksmus bendrovės patalpose, 2015 metų lapkritį surašė tarnybinį pranešimą dėl įmonėje atliekamo Kainų komisijos patikrinimo. O 2016 metų rugsėjį pasirašė „Vilniaus energijos“ planinio patikrinimo aktą.

J. Makauskas nuo šių metų sausio tapo Kainų komisijos nariu. Anot L. Samuolio, šių metų kovą, kai komisija bendrovei skyrė 1,3 mln. eurų baudą dėl anksčiau neteisėtai į šilumą įtrauktų sąnaudų, J. Makauskas nenusišalino nuo svarstymo ir balsavimo, todėl galėjo kilti interesų konfliktas.

Kainų komisija, pernai patikrinusi 2012-2014 metų „Vilniaus energijos“ sąnaudas, nustatė, kad įmonė gavo 24,3 mln. eurų nepagrįstų pajamų. Dėl to nuo gruodžio Vilniuje buvo apie 20 proc. sumažinta bazinė šilumos kaina, o vėliau bendrovei skirtos baudos. Kartu su Kainų komisija patikrinimuose dalyvavo ir FNTT pareigūnai, o vasario pabaigoje FNTT  pradėjo tyrimą dėl „Vilniaus energijos“ galimo sukčiavimo ir dokumentų klastojimo 2006-2012 metais, Kainų komisijai teikiant duomenis.

„Vilniaus energija“ sostinės šilumos ūkio nebevaldo nuo kovo pabaigos. Jis, pasibaigus 15 metų nuomos sutarčiai, atiteko savivaldybės valdomiems Vilniaus šilumos tinklams.