8 m pločio, 6,4 m aukščio ir kiek daugiau kaip 400 m ilgio tunelyje žiemojančius šikšnosparnius skaičiavo 13 specialistų ir savanorių, pasidalijusių į mažesnes grupes ir pareigomis. Kiekviena grupė buvo atsakinga už konkrečią tunelio dalį, o grupėse vieni skaičiavo šikšnosparnius, vardijo jų rūšis, kiti užrašinėjo duomenis, treti fotografavo didesnes grupes ir nuotraukoje patikslindavo skaičių.

Pasak ekspedicijos organizatoriaus, projekto gamtosaugos eksperto Remigijaus Karpuškos, iš šiemet Aukštųjų Panerių geležinkelio tunelyje suskaičiuotų šikšnosparnių daugiausiai, net 1256, buvo visos Europos mastu reti, nykstantys ir todėl ypač saugomi kūdriniai pelėausiai (Myotis dasycneme), 1062 vandeniniai pelėausiai (Myotis daubentonii), 4 Branto pelėausiai (Myotis brandtii) ir 1 charizmatiškasis europinis plačiaausis (Barbastella barbastellus). Dar kelių pernelyg gerai pasislėpusių šikšnosparnių rūšies nustatyti nepavyko.

Šikšnosparnius skaičiavo LIFE integruotojo projekto komandos atstovai iš Aplinkos projektų valdymo agentūros bei Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos Metodinio analitinio centro kartu su Neries regioninio parko ir Šikšnosparnių apsaugos Lietuvoje draugijos specialistais. Ši atoki istorinė Vilniaus vieta žmonėms ne itin svetinga ir net pavojinga, tačiau nuošalumą ir ramybę įvertino šikšnosparniai. Šiltuoju metų laiku šie žvėreliai drėgname tunelyje neužsibūna ir į čia beveik iš visos Lietuvos pradeda rinktis sulig pirmais žiemos žingsniais.

Šikšnosparnių skaičiavimas žiemavietėse - daug kruopštumo, atidumo ir atsargumo reikalaujantis darbas. Įsikūrę žiemai šikšnosparniai pasineria į hibernacijos būseną: nukrinta kūno temperatūra, sulėtėja jų širdies plakimas, kraujo apykaita ir kiti gyvybiniai procesai, o gyvybei palaikyti naudojami šiltuoju metų laiku sukaupti riebalai. Žiemą mūsų krašte gyvenantys šikšnosparniai neturi kuo maitintis, tad šių atsargų jiems turi užtekti beveik pusmečiui, iki pavasario. Atsibundant iš įmygio riebalų atsargos naudojamos intensyviau, todėl, jei jie bus pernelyg dažni, šikšnosparnis pavasario nesulauks. Būtent dėl to šikšnosparnių tyrėjai žiemavietėse be reikalo nesilanko - apskaita atliekama tik vieną kartą per metus, ją vykdo didelę patirtį turintys specialistai ir jiems greičiau apskaitą atlikti padedantys savanoriai. Apskaitą atliekančių dalyvių skaičius ir apskaitos trukmė kiekvienu atveju skiriasi - kad apskaita vyktų greičiau, didelėse patalpose dalyvauja daugiau skaičiuotojų, mažesnėse - apsiribojama tik keliais žmonėmis. Be to, visuomet yra stebima šikšnosparnių elgsena - jei jie pradeda pernelyg aktyviai brazdėti, apskaita nebaigiama ir išeinama iš žiemavietės.

1861 m. pastatytas Aukštųjų Panerių geležinkelio tunelis 1960 m. buvo uždarytas dėl itin prastos būklės. Per lubas į vidų byrantis Panerių kalvos smėlis beveik aklinai užpylė tunelį keliose vietose ir suformavo savotiškas kameras, kuriose nedidelis temperatūros svyravimas, žiemą išlieka pliusinė temperatūra ir yra pakankamai drėgna. Šiuo metu jis yra ypač svarbi ir žiemojančių šikšnosparnių gausa didžiausia šių žinduolių žiemavietė Lietuvoje. Beje, ir viena iš gausiausių Europoje.

Dėl pačių žmonių saugumo siekiant apriboti jų patekimą į vidų, o šikšnosparnius - nuo smalsuolių, 2004 m. patekimas į tunelį buvo užtvertas blokais. Įvertinus čia žiemojančių šikšnosparnių gausą ir pačios žiemavietės svarbą visos Europos šikšnosparnių populiacijai, 2005 m. Aukštųjų Panerių geležinkelio tunelis buvo paskelbtas buveinių apsaugai svarbia teritorija ir tapo Europos specialių saugomų teritorijų tinklo „Natura 2000“ dalimi. Šios apsaugos priemonės buvo gana veiksmingos. Palyginus apskaitų duomenis galima teigti, kad tunelyje žiemojančių šikšnosparnių skaičius per 15 metų išaugo beveik 10 kartų - nuo 2004 m. suskaičiuotų 250 žiemojančių šikšnosparnių iki 2327 žiemojančių šikšnosparnių 2019 m.

Šikšnosparnių žiemaviečių apsaugai išskirtų „Natura 2000“ teritorijų Lietuvoje yra ir daugiau. Tai kitoje Vilniaus miesto pusėje nei Aukštųjų Panerių geležinkelio tunelis esantys Antakalnio bunkeriai, Kauno miesto ir rajono savivaldybių teritorijose esantys Kauno tvirtovės Julijanavos, Milikonių, Naujosios Fredos, Rokų ir Žagariškių fortai.